İllerdeki Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:

a) İş ve işlemleri mevzuat hükümleri çerçevesinde yürütmek, plân, proje ve yıllık programlan uygulamak maksadıyla bağlı birimlerin faaliyetlerini düzenlemek, koordine ve kontrol etmek,

b) Bağlı birimler tarafından hazırlanan bütçeleri ve iş programlarını inceledikten sonra Bölge Müdürlüğüne teklifte bulunmak, onaylanan bütçe ve iş programlarını gerçekleştirmek,

c) Biyolojik çeşitlilik ve tabiatın korunmasını sağlamak maksadıyla gerekli her türlü iş ve işlemleri yapmak veya yaptırmak,

ç) Millî Parklar, Tabiat Parkları, Tabiatı Koruma Alanları, Tabiat Anıtları, Yaban Hayatı Koruma ve Geliştirme Sahaları, Sulak Alanlar, orman içi su ürünleri ile avcılık faaliyetlerine ilişkin plânlama, projelendirme, uygulama, bakım, kontrol, denetim ve benzeri çalışmaları yapmak veya yaptırmak,

d) Eğitim, tanıtım ve yayım işlerini plânlamak, uygulamak,

e) Koruma altına alınması gerekli alanlarda etüt envanter çalışması yaparak veya yaptırarak ilân sürecini başlatmak üzere teklif raporu hazırlamak,

f)  Etüt, envanter ve plânlama çalışmaları yapmak veya yaptırmak,

g)   Mevzuatta öngörülen idarî yaptırım kararlarını tesis etmek,

ğ) Korunan alanlarla ilgili izin, irtifak ve intifa iş ve işlemlerini yürütmek,

h) Döner sermaye iş ve işlemlerini takip etmek, 

ı) Personelin özlük haklan ile ilgili iş ve işlemleri yapmak,

i) Görevleri ile ilgili olarak, kamu kurum ve kuruluşları, kalkınma ajansları, gerçek ve tüzel kişiler ve sivil toplum kuruluşları ile işbirliği yapmak,

j) Bölge Müdürü tarafından verilen benzeri görevleri yapmak.​